Organami Miejskiego Zespołu Szkół w Dusznikach-Zdroju są:
 

1. Dyrektor Miejskiego Zespołu Szkół
2. Rada Pedagogiczna Miejskiego Zespołu Szkół
3. Rada Rodziców przy Szkole Podstawowej (klasy I-VI)
4. Rada Rodziców przy Liceum Ogólnokształcącym Mistrzostwa Spotowego (klasy VII-VIII Szkoły Podstawowej i I-IV Liceum)
5. Samorząd Uczniowski Szkoły Podstawowej, opiekun Pani Ewa Tucholska
6. Samorząd Uczniowski Liceum Ogólnokształcącego Mistrzostwa Sportowego, opiekun Pan Damian Baczmański.

Kompetencje i obowiązki poszczególnych organów Miejskiego Zespołu Szkół w Dusznikach-Zdroju określa Statut.